论文查重工具的安全性主要体现在数据加密、访问控制和安全审计等方面。首先，论文查重工具应采用加密算法对用户上传的论文进行加密存储，确保数据在传输和存储过程中不被窃取或篡改。其次，针对用户数据的访问控制，只有经过授权的用户才能够查看和使用相关信息，防止未经授权的访问和使用行为。此外，论文查重工具还应建立完善的安全审计机制，对用户操作和系统行为进行记录和审计，及时发现和防范安全威胁。

在保护用户隐私方面，论文查重工具需要严格遵守相关法律法规，明确用户数据的收集和使用范围，并获得用户的明示同意。另外，论文查重工具应采取匿名化处理等手段，对用户的个人信息进行保护，避免用户隐私信息泄露。此外，还应建立隐私保护意识和培训机制，加强员工对用户隐私保护的重视和培训，确保用户隐私得到有效保护。