知网查重不按章节查重的原因主要是因为知网检测系统采用的是整体文档比对的方式，而不是局部章节对比。这种方式可以更全面地检测文档的相似度，确保查重结果的准确性。此外，整体文档比对也更符合学术论文查重的需求，能够更好地发现文档中的抄袭行为。

要提高知网查重的准确性，可以采取以下措施：1.在写作过程中注意引用规范，避免抄袭他人作品。2.使用知网查重工具时，尽量上传完整的文档，而不是分章节上传。3.定期检查自己的文献库，及时更新文献，避免因文献过时而导致查重不准确的情况发生。通过以上方法，可以有效提高知网查重的准确性，保障学术研究的质量和诚信度。